Em 1882 foi instalada uma construção para pouso e descanso para os viajantes e animais, na margem esquerda da picada geral do Rio Uruguai, que estendia-se de Campo Novo à Vila Militar, sendo o local denominado Pouso dos Trez Passos. Em 1913, foi extinta a Colônia Militar e o lote onde estava localizado o pouso foi cedido a João Padilha do Nascimento, bem como outros lotes da picada geral foram cedidos para luso-brasileiros. Seis anos mais tarde, chegaram a região os primeiros colonos descendentes de alemães e italianos, ocupando, então o território de Três Passos, Crissiumal, Humaitá, São Martinho, Boa Vista do Buricá e outros. Em dezembro de 1944 elevou-se à categoria de município.
Três Passos está localizada a 470 Km da capital Porto Alegre.